ここでは、リニアングラフ3Dのメニューバーに並ぶ各種メニューと、その各項目の概要を解説します。
「ファイル」メニューでは、グラフにプロットしたいデータファイルを開いたり、設定ファイルを保存・読み込みしたりなど、主にファイル入出力に関する機能が利用できます。
データファイルを開き、グラフにプロットできます。
使い方は、まず「OPEN」ボタンを押してファイルを選択してください。複数のファイルをまとめてプロットしたい場合は、同様に他のファイルも選択していきます。最後に「PLOT」ボタンを押すと、選んだ全ファイル内のデータが、グラフにプロットされます。
なお、異なるファイルから読み込んだデータの内容は、異なる系列として区別され、色分けが可能です。色分けするには、「オプション」>「グラデーション」をOFFにしてください。
データファイルと同じ書式で書かれたテキスト内容を、直接「貼り付け」してプロットできます。表計算ソフトなどからのプロットに便利です。なお、この項目は、グラフ画面で右クリックして「データの貼り付け」からも開けます。
使い方は、まず「データ:」のテキストエリア部分に、データをテキスト内容として「貼り付け」してください。その後、「PLOT」ボタンを押すと、グラフにプロットされます。
現在グラフにプロットしている内容を、一枚のデータファイルにまとめて保存（エクスポート）します。ただし、内容が全て3カラム書式に整形されるなど、多少強引な変換が行われます。解析の際のちょっとした記録の補助用には有用かもしれません。
この機能は、まだVCSSLによる自動処理がサポートされていなかった頃に実装された、古い機能です。現在は、複数データファイルの再プロットなどを手軽に行えるようにしたい場合は、VCSSLでスクリプトを書くのが推奨されています。そちらの方が、何をどうプロットしているのかを把握しやすく、微調整や差し替えも容易です。
現在のグラフを、PNG、JPEG、または BMP 形式の画像ファイルとして保存します。画質優先の場合はPNG、ファイルサイズを小さく抑えたい場合はJPEGがおすすめです。
なお、グラフスクリーン上での右クリックメニューから、グラフの画像をコピーする事もできます。ファイルに保存せず、他のアプリケーション（表計算ソフト）上にそのまま貼り付けたい場合などに便利です。
現在のグラフを、PNG、JPEG、または BMP 形式の画像ファイルとして保存します。画質優先の場合はPNG、ファイルサイズを小さく抑えたい場合はJPEGがおすすめです。
なお、グラフスクリーン上での右クリックメニューから、グラフの画像をコピーする事もできます。ファイルに保存せず、他のアプリケーション（表計算ソフト）上にそのまま貼り付けたい場合などに便利です。
上記で保存した設定ファイルを、選択して読み込みます。
「編集」メニューでは、各軸の範囲やラベル、カメラアングルなど、グラフの細かい設定を編集できます。なお、プロットオプション（グラフを点で描くか線で描くかなど）については、この「編集」メニューではなく、後述の「オプション」メニューから行います。
現在プロットしている内容を全てクリアします。
X/Y/Z軸の範囲を、それぞれ設定できます。使い方は、各軸の最小値・最大値を数値で入力して「SET」を押せばOKです。
なお、「プロット時に自動調整」項目をONにすると、データファイルを開いた際に、そのデータの最大・最小値を自動で検出してセットされます。この項目いはデフォルトでONになっているため、範囲を固定したい場合はOFFにしてください。
X/Y/Z軸の表記を変更できます。例えば、X軸を「経度」、Y軸を「緯度」、Z軸を「計測値」などと表記したい場合などに用います。使い方は、表記する内容を入力して「SET」を押すだけです。
複数の系列を含むデータや、複数のファイルをプロットした際などに、系列ごとに色分けしたい場合がよくあります。その際の色を設定できます。色番号 1 から 8 までの色をそれぞれ選んで設定すると、1番から順に系列に割り当てられていきます。
なお、グラフを系列ごとに色分けするには、「オプション」>「グラデーション」をOFFにする必要があります。
グラフ画像中の目盛り表示やタイトル、ラベルなどに使用するフォントを設定します。一般にフォントは著作権により保護されており、個別にライセンスが存在します。（重要）リニアングラフで作成した画像を、論文やインターネット等を通じて第三者に公開する場合は、その行為がライセンスにより許されているフォントを使用してください。
なお、ソフトウェアとの相性により使用不可能なフォントが存在するため、設定したものと別のフォントが使用される事があります。リニアングラフで初めて使用するフォントがある場合、画像を公開する前に、設定したフォントが正しく使用されているかを必ずご確認ください。
曲面プロット時における、光の反射具合や、光源の方向を調整できます。光の効果は、曲面の微妙な凹凸具合や、粗さ・滑らかさを把握するために重要です。以下のパラメータを調整可能です：
グラフを見る角度 = カメラアングルや、距離と表示倍率、およびスクリーンのサイズなどを設定できます。
なお、遠くほど小さく見える遠近感の効果である、「パースペクティブ」の有無もここで切り替えられます。また、描画速度がわずかに低下する代わりに、線や文字などが滑らかになる「高品質描画」の有無も指定可能です。どちらもデフォルトではONになっています。
遠近感とは、「近くの箇所ほど大きく見え、遠くの箇所ほど小さく見える効果（消失効果）」の事を指します。
適度に遠近感のあるグラフは、奥行き方向の把握を直感的にサポートしてくれるため、マウスで視点変更しながらの日常の解析用途に向いています。 一方で、遠近感の無いグラフは、数学的なデータの出版用プロットなどで、一切歪みのない図を作成したい場合などに向いています。
遠近感ありに設定されている場合、その遠近感は、カメラ距離が近いほど強くなります。
X/Y/Z軸のラベルや目盛りなどに使用するフォントを設定できます。
なお、フォントは一般に著作権で保護されており、ライセンスに基づいて使用する必要があります。特に、グラフの画像を、書籍等に掲載して出版する場合には、その事がライセンスにより認められているフォントをご使用ください。例えば、独立行政法人情報処理推進機構（IPA）が提供している、IPA フォントや IPAex フォントなどはおすすめの一つです。
X/Y/Z軸の目盛りの、刻み数や書式などを細かく設定できます。
また、グラフの直方体の各面に、画像を貼り付ける事もできます。ただし、現行バージョンでは画像の表示が重いため、負荷軽減のため、読み込み時に解像度を粗くする（調整可能）仕様になっています。高解像度のまま画像を貼り付けると、かなり重くなります。
目盛りのデザインや書式などを指定します。まず、「フレーム / Frame」項目では、グラフの輪郭タイプを指定可能です：
また、「目盛りの区間数 / Number of Sectors」項目では、目盛りの区間数を指定可能です。
さらに、「書式 / Format」項目で目盛り数字の書式を指定可能です。 書式を指定するには、「自動調整 / Auto」項目を選択解除し、「書式 / Format」の右にある入力エリアに、以下の例に基づいて入力してください。絶対値が0.1 以上10 以下の場合を独立に指定可能です：
加えて、設定ウィンドウ中央やや右側に並ぶ「表示」の選択項目で、目盛りの表示・非表示を場所ごとに指定可能です。 それには「自動調整 / Auto」項目を選択解除し、目盛りを表示したい部位のみを選択してください。
「オプション」メニューには、データをどのようにプロットするか（点を打つか、線で繋ぐかなど）を指定するための、ON/OFF選択式のオプションが並んでいます。
データ内の、隣接する座標を線で繋ぐオプションです。
データ内の全ての座標の位置に、点を打つオプションです。
点プロットに似ていますが、1ピクセルの非常に小さな点を打ちます。
点プロットに似ていますが、古い機能であり、現在は互換サポート扱いになっています。
格子状のデータ（※）を、メッシュで描画します。
格子状のデータ（※）を、曲面で描画します。いわゆるサーフェスプロットです。
格子状のデータ（※）を、曲面で描画します。いわゆるサーフェスプロットです。
メッシュプロット、曲面プロット、等高線プロットの機能を用いるには、データファイルが「面を表す書式」で記述されている必要があります。詳細は座標値ファイル書式」のページをご参照ください。 また、VCSSLやJava言語で制御して、配列データを直接プロットする場合は、格子状にデータが格納された2次元の配列を渡す必要があります。
4カラム書式で記述されたデータの、4列目の内容を、各座標の位置にテキストとして描画します。
系列ごとに異なるオプションを指定したい場合に使用します。なお、アニメーション機能との併用はできません。
X/Y/Z軸を対数目盛りにします。
X/Y/Z軸の向きを反転させます。
X/Y/Z軸のどれかの長さをゼロにして、グラフを平面にします。
背景を黒色にするオプションです。標準でONになっており、OFFにすると、背景が白色になります。
黒色の背景は、点や線の色が見やすく、PCモニターでの作業に適していますが、印刷では汚くなりがちです。白色の背景はその逆で、印刷には適していますが、PCモニター上では見づらい場面が生じます（特に黄色の点や線など）。
グラフ全体を、X/Y/Z成分の値や、データ内の4列目の値に応じて、グラデーションで彩色します。標準でONになっており、OFFにすると、データの系列ごとに色分けされるようになります。
グラフの各面に引かれている、グリッド線の表示/非表示を切り替えます（標準でON）。
グラフの外枠線の表示/非表示を切り替えます（標準でON）。
グラフの目盛りの表示/非表示を切り替えます（標準でON）。
グラフの軸ラベルの表示/非表示を切り替えます（標準でON）。
格子状のデータを密に補間する事で、メッシュ/曲面/等高線プロットをなめらかにするオプションです。細かく補間しすぎると、一気に重くなるためご注意ください。
モードを選択した後は、補間密度を指定してください。
「N(X)/Cell」項目にX 方向の補間数を、また「N(Y)/Cell」項目にY 方向の補間数を指定してください。
一つの座標点がN(X)×N(Y)個の座標点に補間されます。
グラフ全体を半透明にします。なお、半透明色の描画処理は、不透明色よりもかなり重いため、高密度のデータに対して使用する際はご注意ください。
「ツール」メニューでは、補助的なツール類が利用できます。
グラフをアニメーションさせるツールです。詳細は アニメーション のセクションをご参照ください。
かなり古いバージョンで実装された数式プロットツールが、互換サポート扱いで残っているものです。z = f(x,y) 形式の数式を入力してグラフ化できますが、変数 x と y は、<x> のように < > で囲って書く必要があります。
特に事情が無ければ、「プログラム」メニューの中にある数式プロットツールの方がおすすめです。より多くの形式に対応し、処理も高速です。
「プログラム」メニューでは、簡易プログラミング言語「VCSSL」で記述されたスクリプトを実行できます。
リニアングラフ3Dは、VCSSLによる制御や自動処理が可能です。そういった処理を行うスクリプトを書いて、「RinearnGraph3DProgram」フォルダに入れておくと、このメニューからすぐに実行できて便利です。詳細は [VCSSLによる制御・自動処理](./vcssl) のセクションをご参照ください。
なお、標準でも、数式プロットツールなどのスクリプトがいくつか同梱されています。詳細は 数式のグラフ描画 のページをご参照ください。